Ústav pre výskum srdca SAV vznikol v januári 1955 ako Laboratórium experimentálnej chirurgie v rámci Ústavu experimentálnej medicíny. V roku 1964 sa Laboratórium pretransformovalo na Ústav experimentálnej chirurgie SAV. Vedecká práca ústavu sa v priebehu rokov 1956-1974 sústreďovala najmä na potreby rozvíjajúcej sa kardiochirurgie na Slovensku. Na ústave sa v tomto období dosiahli mnohé významné výsledky:
- ústav sa ako prvý na Slovensku podieľal na konštrukcii a vývoji prístroja pre mimotelový obeh, ktorý vo vtedajšom období umožnil realizovať prvé operácie na otvorenom srdci na Slovensku (prof. Šiška K., prof. Šimkovic I., Ing. Bolf J.);
- metóda transplantácie aortálnej chlopne do mitrálnej oblasti srdca, riešená na ústave, sa niekoľko rokov používala v klinickej praxi pri náhrade mitrálnej chlopne srdca (doc. Hubka M., Prof. Šimkovic I., MUDr. Styk J., MUDr. Gabauer I.);
- zaviedla sa metóda aplikácie exogénneho ATP, ktorá zlepšovala metabolický stav patologicky zmeneného srdca (Ing. Fedelšová M., Ing. Ziegelhoffer A., prof.Bárta E.);
- ústav ako prvý v rámci SAV začal používať metódy elektrónovej mikroskopie pri výskume srdca za rôznych patologických podmienok (prof. Slezák J., RNDr.Tribulová N.);
- riešenie úlohy hyperbarického a hypotermického skladovania srdca pre transplantáciu umožnilo skladovať srdce po dobu 24 hod pred transplantáciou (Ing. Ziegelhoffer A., MUDr. Styk J.);
- uskutočnili sa ortotopické a heterotopické transplantácie srdca v experimente na psoch s dlhodobejším prežívaním bez imunosupresívnej liečby (prof. Šiška K., doc. Hubka M., doc. Holec V., MUDr. Styk J., MUDr. Gabauer I., MUDr. Okoličány J., doc. Kužela L.);
- ústav významne prospel k rozšíreniu poznatkov o reaktivite ciev na iónové a humorálne podnety (prof. Antal J.).
Získané skúsenosti boli v r.1968 využité pri prvej klinickej transplantácii ľudského srdca v ČSR a v strednej Európe na II. chirurgickej klinike v Bratislave pod vedením prof. Šišku.
V 80-tych rokoch minulého storočia sa na ústave zavádzali ďalšie metódy s novým prístrojovým vybavením:
- vyvinuli sa špecifické metódy pre elektrónovú mikroskopiu a zaviedli sa metódy ultracytochémie na detekciu cAMP, ATPáz (prof. Slezák J., RNDr. Tribulová N.);
- zaviedli sa metódy histochémie na skorú detekciu ischemického poškodenia srdca (prof. Slezák J., RNDr. Tribulová N.);
- zaviedla sa metóda perfúzie izolovaného srdca potkana (doc. Kužela L., Ing. Pancza D., MUDr. Styk J., MUDr. Trégerová V., MUDr. Ravingerová T.);
- experimentálne sa overovali rôzne metódy mechanickej podpory zlyhávajúceho srdca (doc. Holec V., MUDr. Styk J., MUDr. Gabauer I., MUDr. Okoličány J., Ing. Pancza D., Ing. Frollo I.):
- metóda intraaortálnej balónikovej kontrapulzácie
- metóda retrográdnej perfúzie koronárnej vény
- metóda ľavostranného a pravostranného bypasu
- revaskularizácia myokardu;
Na základe plánovaných zmien v zameraní vedecko-výskumnej činnosti sa ústav v roku 1990 premenoval na Ústav pre výskum srdca SAV. Od 90-tych rokov po súčasnosť sa na ústave študuje hlavne problematika ochranných mechanizmov a adaptácie srdcovo-cievneho systému na akútne a chronické podnety so zavedením nových experimentálnych modelov a metodických prístupov.